Bilimkurgu, drama ve gerilimin iç içe geçtiği yapımda bir özel ajan, bir bilim adamı ve oğlundan oluşan üçlümüz, bir dizi inanılmaz olayla bağlantılı ölümcül bir gizemi çözmeye çalışıyorlar...Tüm yolcuların ve mürettebatının ölmüş olduğu, içinde hiçbir hayat belirtisi bulunmayan bir uçak Boston Logan Havalimanı'na iniş yapar... Bu gizemli olayı araştırmak üzere, FBI Özel Ajanı Olivia Dunham (Torv) görevlendirilir. Ancak araştırma esnasında ortağı Özel Ajan John Scott (Valley), ölümün kıyısına gelir. Çılgına dönen Dunham, umutsuzca ona yardım edecek birilerini aramaya başlar. Bu durum, özel ajanımızı günümüzün Einstein'ı Walter Bishop'a (Noble) götürür. Ancak Bishop, 17 yıldan fazla zamandır akıl hastanesindedir ve ona ulaşabilmenin tek yolu da asi oğlu Peter'ı (Jackson) yardım etmeye ikna etmekten geçer. Özel Ajan Philip Broyles'ın (Reddick) emrindeki üçlümüz, zamanla o ölümcül uçakta yaşananların, çok daha büyük ve şok edici bir gerçeğin sadece ufak bir parçası olduğunu keşfedeceklerdir...
